正是在他的指挥之下，朝廷才平定了西南奢崇明和安邦彦两大土司引起的dòng • luàn。
而此时，正处于奢安之乱时期。
天启五年，明廷将川、贵督府合并，升授朱燮元为兵部尚书，兼督云南、贵州、广西军务，赐尚方剑，移镇遵义。
天启六年二月，安邦彦乘朱燮元赴重庆、官军未动之机，分别派兵入侵云南及遵义。
而负责攻打永宁的奢崇明之子奢寅被朱燮元收买的阿引刺杀。
奢寅死后，奢崇明年迈无能，安邦彦也愿意接受招抚，朱燮元便将此事奏禀朝廷，派参将杨明辉前往招抚。
六月，朱燮元因父亲去世而离职服丧，杨明辉根据制书，只说招抚安邦彦之子安位，却未提及赦免安邦彦。
安邦彦大怒，杀死杨明辉，重新备战。
而接任巡抚的张鹤鸣在任期间，无所作为，致使水西安氏得以养精蓄锐。
崇祯元年三月，朱由检起复朱燮元为五省总督，总管云南、贵州、四川、湖广、广西军务兼川蜀巡抚。
根据之前的功劳，朱由检加封朱燮元为太子少保，忠定伯。
朱燮元虽然是川蜀巡抚，但是为了更好地制衡水西土司，他移驻到了贵竹司。
招募流民，开垦土地，一边恢复经济一边立营垒，充实军伍，积极备战。
朱由检和萧升一开始并没有关注西南的战事，因为他们始终把建虏这个敌人放在第一位，一直做的努力就是征讨建虏。