很多军头带着人还没出城，就直接被士兵捆了，直接送到了东南新军这边。
还有的平日里民怨比较大的，将士兵当做奴隶的军官，更是直接被愤怒的士兵冲上去砍死，成了南京城内一具无人认领的尸体。
也幸亏第二旅和第三旅的参谋们，根据南京的城防地图，很仔细的推敲了接管南京的方案，但就是这样，也闹出了不少乱子，出现了各种各样的情况。
林良珺和林德阳分别让军法官的人在街头巡逻，又抓了几个不守军纪的士兵，这才算是初步恢复了秩序。
关押甄别投诚官员和士兵，处理战场，清理南京城内的尸体，维持治安，控制各部衙门，等到三月二十日的，南京城终于安定下来。
三月二十日，李时珍从苏州府带领学徒五十人进入南京城。
林良珺干脆直接将南京城中央的旧宫，也就是明故宫拿出来，交给李时珍来做医院。
李时珍倒是也没顾这些，他带着学徒立刻对南京城内的疫病情况进行调查，迅速扑灭了几次小型瘟疫。
接着，李时珍巨大的号召力，让整个南京城懂得医术的人都来皇宫报道，对于战争中受伤的士兵和市民也开放了义诊。
至于东南新军，这一次整个东南新军进攻南京的战役中，仅仅阵亡三人，伤五百人。
这伤亡的士兵，没有一个人是在攻城的时候受伤的，全部都是维持治安的战斗中伤亡的。
三月二十一日，已经被各种民政事务忙的焦头烂额的林良珺，终于等来了救星。
“徐参赞！”
看到徐渭的长胡子，林良珺立刻惊喜的说道：“您怎么来南京了？大都督来了吗？”
徐渭摇头说道：“大都督在上海等你们呢，大都督派我来，接任南京城的军务民政。”
听到徐渭这么说，林良珺立刻大喜过望说道：“终于把您盼来了！大都督能派您来太好了！我这就就交接，然后立刻去上海！”
徐渭说道：“传大都督军令。”
林良珺立刻站直身体，徐渭拿出文件说道：
“第二旅，第三旅攻克南京，所有士兵嘉奖银元五枚，各级军官多奖励银元五枚。官兵皆受旌表，银元已经运到南京立刻发放，旌表等战后再发放。”
“第二旅，第三旅各级军官叙功一份，每个连队推荐一名战斗英雄，参加下一轮军校进修。”
“从第二旅和第三旅中各抽调一千人，组成南京卫戍第五旅的骨干，由徐渭在南京招募第五旅士兵。”
“允许第二旅在南京补充吸收兵员三千人，第三旅在南京补充吸收兵员三千人。”
“接到命令开始，休整三日，第二旅，第三轮所部向上海开拔。”
林良珺立刻喜滋滋的接过军令。
紧接着徐渭又拿出另外一份政令。
“大都督府政令。”
“任命徐渭为南直隶巡抚，接管南京城防务和政务。”
林良珺仿佛解脱了一般，立刻将南京城内所有的政务都移交给了徐渭。
他自己则忙着整编士兵，另外还要和第三旅的林德阳抢夺兵源。
虽然在刚刚的攻打南京作战中，两个旅配合默契。