在凌波丽静静等待着下一步命令的时候，碇真嗣却在面临人生中最大的恐惧。
他在做了一些简单检查后正准备从病房里出来的时候，忽然发现自己的父亲躺在病床上被推进了急诊室，为什么，为什么父亲会......
“真嗣，你没什么事吧。”跟着过来的葛城美里忽然瞥见了穿着病号服的碇真嗣。
“没，没事，为什么父亲会......”
“没事的话，就先回初号机待命，现在是紧急情况，以后再和你解释。”
葛城美里打断了碇真嗣的话，正准备匆匆离开，走了两步后又返回去，张开胳膊把碇真嗣搂在怀里，“现在你的父亲倒下了，就该轮到你来保护他了，拜托了，真嗣，请无论如何都要保护好你的父亲。”
说完这一句话后，她加快了脚步转身离开，虽然还不知道为什么会忽然就和魔法使敌对，但是如果碇源堂不在了，那NERV就真的玩完了。
碇真嗣只是呆呆的望着她离开的背影，耳里面还回响着她说的话，一直以来都如同一座大山一样压在上方的父亲，就这样倒下了？甚至要让自己来保护？他曾经无数次想着能够摆脱父亲的阴影，但是真当这一刻来临之时，更多的却是一种恐惧和茫然，甚至完全不知道自己接下来应该做些什么，直至有人喊着他回到初代机去，才恍然大悟般的开始奔跑起来。
......
“轰——”
“总部地面结构遭受攻击，大门残损度百分之二十三！”
“袭击人员确认！是代号剑豪，与代号冰女的两位魔法使！”