魏忠贤倒台后，阉党被定为逆案，阉党成员，也大多被下狱问罪。
锦衣卫在魏忠贤当政之时，被魏忠贤视为禁脔，以东厂厂公的身份，执掌锦衣卫，锦衣卫从指挥使田尔耕，到指挥佥事、北镇抚司理刑官杨寰等，几乎全是阉党成员。
魏忠贤倒台之后，锦衣卫上层也跟着倒霉，田尔耕、许显纯、杨寰、崔应元等，要么自杀，要么被抓，几乎没有一个逃掉的。
只不过，锦衣卫毕竟是天子亲军，而且是天子的爪牙和耳目，从设立之初发展到现在，锦衣卫的权势和力量，也在不断地发展壮大着。
到了现在，锦衣卫早就已经成了御营二十六卫之中，最大的一卫，而且地位超然，拥有侦讯、逮捕、审问、刑讯和处决犯人的权力，并且不受三法司的监督和干涉！
可以说，锦衣卫，完全就是皇帝的耳目和爪牙，并且只听命于皇帝一人！称之为特务机构，也一点都不为过！
虽然，在魏忠贤当政之时，锦衣卫几乎完全成了东厂的附庸，成了魏忠贤的走狗，但实际上呢，魏忠贤的权力来自于天启皇帝的授予，他兼管锦衣卫的权力，同样来自于此！
也因此，锦衣卫成为魏忠贤的走狗，听从魏忠贤的命令，从另外一个层面来看，其实还是忠于天启皇帝！
而且，也正是因为锦衣卫一直以来，都是天子的爪牙和耳目，只听命于皇帝一人，所以，在魏忠贤倒台之时，锦衣卫的中下层头目，才会集体倒戈，对田尔耕和杨寰、崔应元等人的命令阳奉阴违，转而听从从五城兵马司调来的锦衣卫指挥佥事徐云粱的命令！
田尔耕、杨寰，以及被朱由检用‘升迁’的名义，升任为御营六都都指挥使同知的许显纯，被逮捕下狱后，锦衣卫指挥佥事徐云粱更是轻而易举，几乎不费吹灰之力的，就接管了整个锦衣卫！