大明王朝军事上面的屯田制，必须要彻底的消除，军队还是要向着专业化和雇佣化方向发展，这样才能够训练出来足够强悍的军士，要知道强军是当下最为主要的任务。
杨文聪麾下的一万军士，已经展现出来强悍的气息，朱慈烺相信，他们的战斗力已经超过吴三桂麾下的关宁铁骑，有着足够的实力与后金鞑子作战，而且是与实力最为强悍的后金满八旗作战，以这一万人的军队，采取突袭的方式，应对小规模的后金鞑子，足够取得完胜。
南直隶需要或者可能整合的军队，数量不少，徐州、庐州和凤阳三地，驻军人数接近十万人，分别在马士英、高杰和黄德功三人的掌控之中，不过朱慈烺有清醒的认识，除开吃空饷、老弱病残以及丝毫没有战斗力的人员，能够整合的军士有五万人就相当不错了。
湖广左良玉麾下的军士数量最为庞大，号称百万人，实际兵力二十万左右，可惜战斗力孱弱，而且军纪军规相当混乱，不下狠手整治形不成战斗力。
福建的郑芝龙，云南的沐天波，四川的秦良玉，杨展等人，亦是朱慈烺可以整合的力量，不过那是下一步的事情了。
当下最为关键的一步，是整合南直隶的所有兵力。
军队的驻防肯定要大规模的调整，凤阳是大明王朝开国皇帝朱元璋的老家，被称之为中都，历来都有大军驻扎在这里，其实大军驻扎在这里没有任何的作用，在朱慈烺看来，凤阳压根就不需要驻军，所有的兵力都可以调整出来。
庐州驻军也值得商榷，从地理位置来说，庐州的驻军关键时刻不可能发挥很大的作用，无非是崇祯八年的时候，李自成攻陷了凤阳府城，对朝廷造成了重大的影响和震撼，所以朝廷决定在庐州驻军，以护卫凤阳府城和南京等地。
南直隶其余地方驻扎的零星的军队，完全可以成建制的转归地方，用以维持地方治安。
整合军队，意味着裁撤无用之人，意味着整治吃空饷的军官，迈出这一步的难度同样很大，不过朱慈烺已经有了充足的准备，一方面他掌握有足够的钱财，能够安抚那些被裁撤的军士，让这些人短时间之内衣食无忧，另外一方面，他也必须在短时间之内训练出来一支大军，这支大军的总人数不少于五万人，这样才能够抵御李自成或者是后金鞑子发起的进攻。