经过选拔，罗利的新搭档是真子，第一次同步试验中真子（菊地凛子饰）神经元连结失败，险些摧毁基地。
紧接着四级怪兽“尾立鼠”和“棱背龟”登陆香港，激战中国机甲“暴风赤红”，俄罗斯机甲”切尔诺阿尔法“不幸牺牲，五代机甲”尤里卡突袭者“受到EMP攻击瘫痪，危险流浪者临时出击，逐一击败了入侵的怪兽。
这一战，除了尤里卡突袭者、危险流浪者以外的机甲全部阵亡。
香港一战以后，PPDC决定立马实施缺口摧毁作战计划。
在深海中流浪者巧妙击杀四级怪兽”迅龙‘，尤里卡突袭者自爆与四级怪兽“憎恶”同归于尽，同时重伤五级怪兽“毒妇”，最后流浪者穿越缺口，通过自毁成功炸毁虫洞。
2013年，环太平洋地区海底深处出现了一个平行宇宙“突破点”。
随后，一个巨大无比的巨兽生物从“海洋”中崛起，第一只巨兽首先摧毁了旧金山以及周围所有的海岸城市，而人类大部分企图阻止巨兽的军事行动全部以失败告终，但巨兽也最终在人类的殊死抵抗下死于核弹中。
但旧金山方圆百里变成了荒芜之地。事件结束后，人类为巨兽起了“怪兽”（Kaiju）的名字，但原本认为结束的怪兽袭击却接二连三而出现在各个环太平洋城市。
人类在无计可施之下发明了他们自己创造的“怪兽”。