但是虚假的毕竟是虚假的，计算机程序也并不能完美地模拟现实世界，生活在“矩阵”中的人能够察觉到看似正常的现实世界存在不正常的地方。
为了清除这些公式中的“余数”，“矩阵”给予了他们自由，并让他们唤醒与自己一样的人，在现实世界中远离机械城市的地下组建人类的城市——锡安。
你也可以将这座人类城市理解为计算机的回收站，用于暂时安放垃圾数据。
等到摆脱矩阵控制的人口积累到一定的数量，“矩阵”便会排出机器人大军，对回收站来个一键清空。
但那些已经摆脱母体的人类根本不清楚这件事情的原委，一直致力于将更多有资质的人从“矩阵”这个梦境中唤醒，带给他们真实的自由。
殊不知这完全在机器的计划当中，他们所经历的一切都像图文游戏一样，有着固定的流程，哪怕看似不同的选择，其实也在剧本当中。
而在这些觉醒者当中，存在着被称为“救世主”的个体，他的个人程序是被矩阵刻意编程过的，在矩阵中掌握着很高的权限，可以做到很多事情，是个一个超人。
他即是最初的觉醒者，掌握着负责引领其他人类建造锡安对抗机器；同时，他也是矩阵的救世主，负责清除冗余程式，使矩阵能够迎来进化。
当然，为了防止觉醒的人类在“矩阵”世界做得太过火，“特工”这种杀毒程序便被创造了出来，他们负责清除潜入矩阵当中的锡安反抗军以及觉醒的人类这些影响矩阵正常运行的病毒。
不过如今这一切都将改写，因为岳斯来了。
检测到岳斯对矩阵世界的影响与对数据的操控，电脑特工们赶到了这里，但并不是前来消灭他的，而是想尽办法将岳斯进行抓获，矩阵从岳斯身上看到了进化的可能性。